Sau khi đi sứ về, Quách Đình Bảo được thăng Đông các hiệu thư, Phó Đô ngự sử kiêm Tả xuân phường, Tả trung doãn. Đông các hiệu thư là một chức quan trong viện Hàn lâm chuyên chịu trách nhiệm khởi thảo các bài chế, chiếu, biểu cho vua. 

Phó đô ngự sử là một chức danh rất trọng vì Ngự sử đài là cơ quan giữ phong hóa pháp độ. Người được bổ dụng làm quan Ngự sử ở Ngự sử đài không chỉ thông tỏ luật lệ mà còn phải là người giàu bản lĩnh, khí tiết vì vừa phải giúp vua xử lý công việc triều chính theo đúng pháp độ vừa dám can ngăn bề trên khi có những hành xử thiếu chuẩn mực. 

Tả xuân phường, Tả trung doãn là hai chức ở Đông cung dạy Thái tử. Cùng một thời điểm Quách Đình Bảo đảm nhiệm các chức quan có chức năng khác nhau ở ba lĩnh vực đã chứng tỏ ông là một học quan đa năng và là người được Lê Thánh Tông rất mực sủng ái tin dùng.

Dưới triều vua Lê Thánh Tông, nhiều bộ sách lớn được tổ chức biên soạn. Bộ Đại Việt sử ký toàn thư (Toàn thư) là một bộ sử biên niên lớn vào bậc nhất Việt Nam thời phong kiến gồm 15 quyển, nhà vua giao cho sử quan Ngô Sĩ Liên biên soạn, hoàn thành vào năm Kỷ Hợi (1479). 

Quách Đình Bảo đã giúp Lê Thánh Tông thẩm định bộ sách này. Theo Toàn thư cho biết vua Lê Thánh Tông đã giao cho nhóm Quách Đình Bảo, Đỗ Nhuận, Thân Nhân Trung, Đào Cử, Đàm Văn Lễ biên soạn hai bộ sách lớn là Thiên Nam dư hạ tập và Thân chinh ký sự, trong đó Thiên Nam dư hạ tập là một bộ sách đồ sộ gồm 100 quyển, ghi chép đầy đủ các chế độ, luật lệ, văn thư, điển lễ, cáo sắc của nhà nước Đại Việt. 

Tiếc thay hai bộ sách này đã thất lạc từ thế kỷ XVII. Năng lực văn chương của Quách Đình Bảo từng được sử sách lưu truyền qua những áng thơ văn xướng họa với vua và các triều thần, thơ văn bang giao, tiễn tặng và với việc được giao tham gia biên soạn những bộ sách lớn của quốc gia đã chứng tỏ ông là một tác gia lớn, một học giả hàng đầu ở thế kỷ XV.

Năm 1483, Quách Đình Bảo được thăng Thượng thư Bộ Lễ, hai năm sau được chuyển sang làm Thượng thư Bộ Hình. Những năm tháng ở hai cương vị này ông đã có rất nhiều cống hiến ở các lĩnh vực khác nhau. “Toàn thư” đã chép khá nhiều sự kiện Quách Đình Bảo tâu trình về việc xử lý những công việc hệ trọng và đều được vua y theo. 

Ví như những đề xuất của ông về việc xử lý những vướng mắc về phân phối và sử dụng sách công, việc sắp xếp chỗ cư trú, ăn ở cho những người buôn bán ở kinh đô để đảm bảo ích nước lợi dân, việc xử phạt kẻ có tội, việc quy định đất để mồ mả của các quan và dân chúng...

Một trong những đóng góp mang tính lịch sử của Quách Đình Bảo khi đang là Thượng thư bộ Lễ là sự kiện dựng bia Tiến sĩ ở Quốc Tử Giám Hà Nội. Sách “Toàn thư” chép: “Ngày 15 tháng 8 năm Giáp Thìn (1484), dựng bia có bài ký ghi tên các Tiến sĩ từ khoa Nhâm Tuất, năm Đại Bảo thứ 3 vua Thái Tông triều ta đến nay (từ khoa Nhâm Tuất, năm Đại Bảo thứ 3 (1442) đến khoa Giáp Thìn năm Hồng Đức thứ 15 (1484) gồm 10 khoa).

Vua cho là từ năm Đại Bảo thứ 3 triều Thái Tông đến giờ, việc dựng bia, đề tên Tiến sĩ các khoa vẫn chưa làm được, sai Lễ bộ thượng thư Quách Đình Bảo biên rõ họ tên, thứ bậc các Tiến sĩ từ khoa Nhâm Tuất, năm Đại Bảo thứ 3 triều Thái Tông, khoa Mậu Thìn năm Thái Hòa thứ 6 triều Nhân Tông, khoa Quý Mùi năm Quang Thuận thứ 4, khoa Bính Tuất năm thứ 7, khoa Kỷ Sửu năm thứ 10, khoa Nhâm Thìn Hồng Đức năm thứ 3, khoa Ất Mùi năm thứ 6, khoa Mậu Tuất năm thứ 9, khoa Tân Sửu năm thứ 12 đến khoa Giáp Thìn năm nay, khắc vào bia đá”.

Theo luật Hồng Đức các quan đến 60 tuổi thì được về trí sĩ (nghỉ hưu). Năm 1494, Quách Đình Bảo đến tuổi trí sĩ. 

Ông dâng sớ xin nghỉ nhưng vua Lê Thánh Tông muốn giữ lại vì quan Hình bộ thượng thư họ Quách đang được coi là dường cột của triều đình. Mặt khác, Thánh Tông muốn giữ ông để tiếp tục dạy dỗ Thái tử ở Đông cung, nhưng ông thác cớ sức yếu quyết xin nghỉ, Thánh Tông đành chấp thuận và gia phong cho ông hàm Thái phó.

Vẫn một niềm say mê đào tạo nhân tài cho đất nước nên khi về trí sĩ Quách Đình Bảo đã mở lớp dạy học tại nhà. Học trò theo học rất đông, nhiều người đỗ đạt cao, trong đó có Đinh Trinh là trường hợp khá hi hữu. 

Đinh Trinh người làng Vị Dương, nay thuộc xã Dương Hồng Thủy, cách nhà Quách Đình Bảo vài quãng đồng. Một lần, khi ông thầy họ Quách đang dạy học trò thí thấy một cậu bé chừng mươi tuổi cứ thập thò dòm qua khe cửa, có vẻ như cũng lắng nghe. 

Quách Đình Bảo hỏi thì được biết Đinh Trinh vì nhà nghèo khó nên không được đi học. Ông bèn nhận Đinh Trinh vào phụ giúp việc nhà để ông rèn cặp. Hơn mười năm sau, Đinh Trinh thi đỗ Tiến sĩ khoa Nhâm Tuất, Cảnh Thống thứ 5 (1502), đời Lê Hiến Tông. 

Điều lý thú là khi ra làm quan, Đinh Trinh cũng làm tới Thượng thư bộ Lễ, cũng được cử đi sứ sang nhà Minh, từng được vua Minh khen là người tài không kém các danh sĩ Trung Hoa và khi mất cũng được dân làng thờ làm phúc thần như Quách Đình Bảo.