Trong cuốn sách JFK và Việt Nam, John M Newman, một cựu thiếu tá lục quân, chuyên nghiên cứu các tài liệu mật, cho rằng tổng thống Kennedy muốn tái đắc cử năm 1964, sau đó rút khỏi Việt Nam. Ông đã nhiều lần cưỡng lại đề xuất của những người dưới quyền muốn đưa quân Mỹ tới Lào năm 1961, và Việt Nam sau đó.

Ngày 2/10/1963, Kennedy nhận bản báo cáo về chuyến đi Sài Gòn của bộ trưởng Quốc phòng Robert McNamara và chủ tịch Hội đồng Tham mưu trưởng liên quân Maxwell Taylor. Đề xuất được đưa ra trong bản báo cáo là Mỹ rút quân từng phần, đến cuối năm 1965 thì rút toàn bộ và Bộ Quốc phòng nên thông báo trong tương lai rất gần kế hoạch rút 1.000 trong số khoảng 16.000 người Mỹ đang ở Việt Nam trong năm 1963.

Ngày 5/10, Kennedy đưa ra quyết định chính thức. Ông nói rằng việc rút 1.000 cố vấn Mỹ không nên được đưa ra chính thức với Ngô Đình Diệm. Thay vào đó, hoạt động này chỉ được nên tiến hành dưới hình thức một động thái thông thường chuyển người ở những khu vực không cần tới.

Roger Hilsman, trợ lý ngoại trưởng về Viễn Đông dưới thời Kennedy, bình luận ban đầu tổng thống ủng hộ Ngô Đình Diệm - một người theo Công giáo như ông. Tuy nhiên, ông bắt đầu thay đổi quan điểm, sau thất bại ở Vịnh con Lợn (Cuba). Kennedy cho rằng là Việt Nam có thể là một bãi lầy. Tổng thống quyết tâm đây sẽ không phải là cuộc chiến của người Mỹ, ông sẽ không ném bom miền Bắc và không gửi quân. Sau đó, xảy ra biến cố Phật giáo mùa xuân năm 1963. Kennedy tin Ngô Đình Diệm không có cơ hội chiến thắng và Mỹ phải rút người. Vì vậy, ông tác động lên McNamara trong việc triển khai kế hoạch đưa toàn bộ lực lượng Mỹ rời khỏi Việt Nam. Những người duy nhất ở lại sẽ là lính đánh thuỷ đánh bộ để bảo vệ sứ quán. Theo Hilsman, trước khi Kennedy bị ám sát, đã có khoảng 1.000 người được rút khỏi Viẹt Nam.

Ngày 11/10/1963, Nhà Trắng đưa ra bản nghi nhớ thoả thuận an ninh quốc gia (NSAM) 263: “Tổng thống phê chuẩn các đề xuất quân sự, nhưng chỉ đạo rằng không có thông báo chính thức nào được đưa ra về kế hoạch rút 1.000 người Mỹ trong năm 1963". Nói cách khác, đề xuất của McNamara được Kennedy bí mật phê chuẩn và ra lệnh tiến hành, cũng bí mật.

Ngày 1/11, xảy ra cuộc đảo chính ở Sài Gòn và vụ ám sát Ngô Đình Diệm và Ngô Đình Nhu. Theo lời nhà sử học James K. Galbraith, từ tháng 8/1963, một nhóm những người cấp dưới ở Nhà Trắng (thứ trưởng Ngoại giao Averell Harriman, phụ tá ngoại trưởng phụ trách về Viễn Đông Roger Hilsman, và cố vấn Nhà Trắng Michael Forrestal), trong khi các quan chức cao cấp nhất ở Washington vắng mặt dịp cuối tuần, đã vạch kế hoạch đảo chính ở Sài Gòn. Nhà Trắng sau đó bị đặt vào thế đã rồi. Vì vậy, họ tỏ ra bị động và không bảo vệ được Ngô Đình Diệm và Ngô Đình Nhu. Thực ra, đối với Washington, không có lựa chọn nào khác ngoài đảo chính. Như vị đại sứ Pháp ở Sài Gòn lúc đó giải thích: “Bất kể chính phủ nào ngoài chính quyền của 2 ông Diệm - Nhu cũng sẽ phải phụ thuộc vào Mỹ nhiều hơn và nghe lời họ trong mọi việc”.

Tuy nhiên, bản thân ông Roger Hilsman lại kể về vụ đảo chính Ngô Đình Diệm như sau: "Đại sứ Frederick Nolting sắp thôi chức và Henry Cabot Lodge sắp vào thay thế. 3 chúng tôi gặp nhau ở Hawaii. Lúc bấy giờ có tin đồn là hai anh em Ngô Đình Nhu và Ngô Đình Diệm sắp tấn công các ngôi chùa. Trước đó, những Phật tử biểu tình và có sự kiện họ treo cờ Phật, còn Ngô Đình Diệm ra lệnh không được treo cờ nào khác ngoài cờ của miền Nam Việt Nam. Các binh lính nổ súng, làm một số người thiệt mạng. Nolting nói với tổng thống Diệm rằng nếu họ đánh vào các ngôi chùa, Mỹ sẽ phải lên án họ trong một tuyên bố công khai.

Khi Nolting rời khỏi Việt Nam, thì xảy ra vụ tấn công các chùa chiền. 3 chúng tôi đứng nói chuyện với nhau và Nolting cứ nhắc đi nhắc lại: "Ông ấy đã hứa với tôi, ông ấy đã hứa với tôi". Và đó là hồi tháng 8. Ngày hôm sau, tôi trở lại Washington. Lodge đã đến Việt Nam và gửi một bức điện tín nói rằng các tướng Việt Nam đến gặp ông ấy và nói họ có thông tin Ngô Đình Diệm sắp ra lệnh bắt và xử tử họ, và muốn được Mỹ ủng hộ nếu phải đảo chính để tự vệ. Bởi vậy, ngày 24/8, chúng tôi viết một bức điện...

Thực sự thì khi đó McNamara đang không ở trong thành phố, ngoại trưởng Dean Rusk ở New York, Kennedy ở Hyannis Port. Chúng tôi không gọi được cho McNamara, nhưng liên lạc được với Kennedy và Rusk. Rusk đưa thêm một đoạn văn trong đó nói rằng nếu anh em Diệm - Nhu thành công ở Sài Gòn, chúng ta sẽ cố gắng ủng hộ cuộc chiến thông qua cảng Hawaii. Nhưng bức điện bị rút lại còn một câu, làm thay đổi nội dung của nó, vì nó khiến chúng ta can thiệp trực tiếp hơn vào cuộc chiến: Hãy tới gặp Diệm và bảo ông ấy rằng chúng tôi cho rằng em trai của ông ấy, ông Nhu, nên trở thành đại sứ ở Paris, để ông ấy ra khỏi đất nước, vì ông ấy đang gây rắc rối... Lodge trả lời: Tôi sẽ không làm gì cho đến khi tôi nhận được thêm thông tin của các ông, bởi vì nếu tôi dến gặp Diệm và làm như các ông dặn, đề nghị ông ấy gạt em trai của mình, ông ấy sẽ ngay lập tức bắt các tướng lĩnh và xử tử họ.

Vậy là sáng thứ hai, có một cuộc họp của Hội đồng An ninh Quốc gia. John McCone, đứng đầu CIA, và McNamara đều không ở trong thành phố, khi sự việc trên xảy ra. Những người phó của họ đã ký bức điện. Vì vậy, họ rất tức giận. Kennedy bực mình vì sự chia rẽ trong chính phủ. Ông ấy nói: Thôi được rồi, Lodge chưa thực hiện những lời chỉ dẫn trên bức điện, vì vậy chúng ta hiện có 3 lựa chọn. Chúng ta có thể làm theo bức điện, chúng ta có thể rút lại nó làm như chưa từng có chuyện gì xảy ra cả, hoặc chúng ta có thể điều chỉnh lại nó, như Lodge đã đề xuất, nghĩa là để ông ấy làm mọi việc ngoại trừ đến gặp Ngô Đình Diệm.  

Về sau, chúng tôi mới biết được có một vài tướng đã từ chối tham gia đảo chính, vì vậy không có gì xảy ra. Cuộc đảo chính sau đó là một cuộc đảo chính khác, với những người khác, chỉ có một số tướng vẫn giữ nguyên. Ngày 1/11, họ không nói gì với chính phủ Mỹ, cũng không tham khảo ý kiến gì với chúng tôi cả. Lần đầu tiên chúng tôi nghe về vụ việc là qua một sĩ quan liên lạc thuộc CIA. Vì vậy, bức điện ngày 24/8 và cuộc đảo chính ngày 1/11 không hề liên quan đến nhau".

Tại một cuộc họp báo ngày 12/11, Kennedy công khai tuyên bố lại mục đích đối với Việt Nam là thúc đẩy cuộc chiến và đưa người Mỹ ra khỏi nơi này.

Hội nghị Honolulu giữa các quan chức quân sự và nội các ngày 20-21/11 được triệu tập nhằm xem xét lại các kế hoạch sau vụ đảo chính Sài Gòn. Một kế hoạch sơ bộ, sau này được thực hiện dưới cái tên OPLAN 34, được chuẩn bị. Kế hoạch này kêu gọi tăng cường các cuộc tấn công bất ngờ chống quân giải phóng, sử dụng lính biệt kích của quân đội Việt Nam Cộng hoà dưới sự kiểm soát của người Mỹ.

4 ngày sau khi Kennedy bị ám sát, Johnson thông báo mục đích của chính phủ Mỹ vẫn giữ nguyên như thời Kennedy: giúp chính quyền Việt Nam Cộng hoà đánh Cộng sản thông qua hoạt động hỗ trợ huấn luyện và không dùng lực lượng quân sự Mỹ một cách công khai. Nhưng đồng thời, tân tổng thống cũng chấp thuận việc tăng cường các hoạt động bí mật chống miền Bắc Việt Nam. Tiếp theo đó, xảy ra sự kiện Vịnh Bắc Bộ dẫn tới việc Mỹ triển khai các lực lượng chủ lực.

Theo các tài liệu của thư viện Lyndon Baines Johnson, tổng thống Johnson biết chiến tranh Việt Nam là một cạm bẫy và lo sợ về một thảm kịch. Về phương diện này, Johnson và Kennedy có điểm giống nhau. Tuy nhiên, Johnson không có được sự quyết tâm của Kennedy. Ông chấp nhận đề xuất tiến hành các hoạt động bí mật, và nhượng bộ trước đề xuất của giới quân sự ngày 24/11.

Để tiếp tục chính sách rút quân của Kennedy, sau khi cố tổng thống qua đời, sẽ là việc khó khăn, bởi vì công chúng Mỹ còn chưa biết là cuộc chiến đang theo chiều hướng bất lợi cho phía Mỹ. Họ cũng chưa biết là Kennedy đã ra lệnh rút quân. Đối với Johnson, duy trì một ảo tưởng về sự kế tục, vào thời điểm dân chúng còn đang bàng hoàng về vụ ám sát, là mục đích chính trị của ông lúc bấy giờ.

×